در سال 1297 مدرسه طب از تشکیلات دارالفنون مستقل و دکتر لقمان الدوله ادهم به ریاست آن منصوب گردید. پس از آن در اثر اصلاح برخی مقررات و آئین نامه ها و تدوین قوانین جدید، مجدداً طب و طبابت مورد توجه قرار گرفت و دانشجویان پزشکی افزایش یافتند.

از آنجایی که بیمارستانهای تهران برای آموزش بالینی دانشجویان و پاسخگویی به بیماران کافی نبود و نیز مدرسه طب نمی توانست مسئولیت های خود را بصورت موثر انجام دهد بنابراین هیئت دولت وقت در 23 بهمن ماه 1306 تصمیم گرفت بیمارستان پانصد تختخوابی (پهلوی سابق و امام خمینی(ره) فعلی) را احداث کند. از این رو پنجاه هزار تومان در سال 1307 به بودجه اداره صحیه کل افزوده شد و مقرر گردید در سالهای بعد نیز معادل همین مبلغ برای تکمیل و راه اندازی آن در بودجه دولت پیش بینی شود

در سال 1308 زمینی به مساحت دویست و سی و پنج هزار و پانصدو نوزده متر مربع به قیمت دوازده هزار و هشتصد و هشتاد تومان از اراضی منطقه جمشید آباد از فیروز میرزا فرمانفرما برای احداث بیمارستان خریداری شد. پس از آن اداره صحیه و وزارت دارائی اقدام به ساخت بیمارستاني که در ابتدا به نام بیمارستان پانصد تختخوابی نام گذاری شد، نمود. جهت نیل به این مقصود در تاریخ 15 اردیبهشت 1308 اولین مناقصه ساخت بیمارستان منتشر گردید ولی به دلایل نا مشخص تا سال 1315 اقدام خاصی برای ساخت بیمارستان صورت نمی گیرد تا اینکه با آقای مهندس ارنست کپ آلمانی قراردادی به منظور تهیه نقشه های ساختمان طی سه قرارداد منعقد می شود

- قرارداد تهیه نقشه و نظارت فنی

- قرار داد ساخت بیمارستان با شرکت آلمانی

- قرارداد واگذاری تاسیسات شرکت

پس از عقد قرارداد، در ابتدا بنا بود که بیمارستان ظرف مدت 2 سال به بهره برداری برسد و قرار بود که صحه کل مملکتی آن را اداره نماید اما به دلیل عدم توانایی شرکت مهندسی آلمانی در اجرای پروژه، شروع جنگ جهانی دوم و تاسیس دانشکده پزشکی و الحاق بیمارستانهای تهران به آن، تحقق این امر میسر نگردید

با شروع جنگ جهانی دوم در سال 1320 و ورود قوای متفقین به ایران، کار ساخت بیمارستان متوقف گردید و بیمارستان تا سال 1325 به اشغال نیروهای متفقین در آمد. در سال 1327 رئیس وقت دانشگاه با دریافت کمک مالی از دولت برای تکمیل بیمارستان اقدام نمود. از تاریخ دقیق افتتاح بیمارستان، اطلاع موثقی در دست نیست. مع الوصف طبق شواهدی که در دست است از اواخر سال 1325 تا سال 1327 به تدریج بخش های بیمارستانی از سایر بیمارستانها به این محل منتقل و یا بخش های جدید در آن تاسیس گردید. بخش های جراحی عمومی و داخلی، اولین بخش هایی بودند که در مهر و آبان ماه 1325 از بیمارستان وزیری به این بیمارستان انتقال یافت و می توان گفت عملاً از این تاریخ، بیمارستان رسماً فعالیت خود را آغاز نموده است

تاريخ افتتاح ديگر ساختمانهاي مجتمع به شرح ذيل مي باشد

بيمارستان وليـ‏عـصر(عج) : 1354

انستيتو کانسـر : 1334

مجتمع درمانگاهها و اورژانس : 1352

مجتمع بيمارستاني امام خميني(ره)، يکي از مراکز درماني دانشگاه علوم پزشکي تهران، مشتمل بر سه بيمارستان مستقل 1- بيمارستان امام خميني(ره) 2- بيمارستان ولي‏عصر(عج) 3- انستيتو کانسر و مراکز ديگري چون مرکز تصويربرداري پزشکي، مرکز پزشکي هسته‏ اي، مراکز متعدد تحقيقاتي و تالارهاي همايش است. اين مجتمع با وسعت 25 هکتار، در يکي از بهترين نقاط تهران با دسترسي مناسب از سه مسير 1- درب شمالی واقع در خیابان باقرخان از میدان توحید 2- درب شرقی واقع در انتهای بلوار کشاورز 3- درب جنوبی واقع در انتهای خیابان اسکندری شمالی و با بيش از چهار ‏هزار نفر نيروی انساني مشتمل بر بيش از 270 نفر عضو هيئت علمي و ديکر کارکنان در سطوح مختلف درماني، اداري و خدماتي و با بيش از 1200 تخت فعال در خدمت هم‏وطنان عزيز مي‏باشد.

بخشهاي هريک از بيمارستانها شامل

بیمارستان امـام خمـینی(ره)

بخشهای جراحی: عمومی - اعصاب - قلب - ارولوژی - ارتوپدی - پیوند کبد و کلیه

بخشهای داخلی: گوارش - ریـه - کلیه - قلب - عفونی - پوست - روان‏ تنی -نورولوژی- داخلی جنرال (ساختمان دکتر نفیسی)

بخشهای مراقبت ویژه: همودیالیز - ICU جراحی قلب- ICU جراحی اعصاب- ICU پیوند- CCU قلب - ICU جنرال

واحدهای پاراکلینیکی: آنـدوسکوپی ریه ‏و‏ آنـدوسکوپی گــوارش - آنژیوگــرافی قلب - تسـت ورزش‏ و تست تنفس - پیـس میکر- کولورکتال - رادیولوژی - سونوگرافی- نوار قلب

آزمایشگاه ژنتیـک و ملوکولی - نوار عصب و عضله - نوار مغز - سونوگرافی عروق مغز - دی کلـینیک - ال‏تی ‏ام‏ -اپی لپسی - اختلالات خواب

بیمارستان ولـی‏ عصـر(عج)

بخشهای جراحی: عمومی - گوش ‏و‏ حلق ‏و‏بینی - قفسه‏ صدری- پلاستیک - زنان - زایمان

بخشهای داخلی: کودکان - خـون - غـدد - روماتولوژی - نوزادان - آنکولوژی زنان

بخشهای مراقبت ویژه: ICU- NICU- پیوند مغز استخوان (BMT)

واحدهای پاراکلینیکی: رادیولوژی - آزمایشگاه – داروخانه - اسکن قلب – سنجش تراکم استخوان – رادیوایزوتوپ - آزمایشگاه غدد و متبولسیم- شنوایی شناسي - گفتار درمانی - ژنتیک

انستیــتوکــانسر

بخشهای جراحی: جراحی آنکولوژی مردان و زنان

بخشهای داخلی: مدیکال آنکولوژی مردان و زنان

بخشهای مراقبی ویژه: ICUجراحی

واحدهای پاراکلینیکی: درمانگاه‏های جراحی سرطان و شیمی درمانی- طب تسکینی - آزمایشگاه - پاتولوژی-رادیولوژی - سیتولوژی- ژنتیک - رادیوتراپی- فیزیک - کلینیک پستان - زخم و استوما - آندوسکوپی

مرکز تصویربرداری پزشکی

آم آر آی- سی تی اسکن - آنژیوگرافی مغز - ماموگرافی - درمان ليزري عروق - راديولوژي تهاجمي

همچنين سه بخش اورژانس ، مجموعه درمانگاهها

مراکز تحقيقاتي چون:

مرکز تحقیقات علوم وتکنولوژی درپزشکی

مرکز تحقیقات بهداشت باروری

مرکز تحقیقات کانسر

مرکز تحقیقات پيوند اعضاء و بانک فرآورده های ییوندی

مرکز تحقیقات ایدز

مرکز تحقیقات ترمیم ضایعات نخاعی

مرکز تحقیقات بیماری های مغز و اعصاب ايران

مرکز تحقیقات نفرولوژی

مرکز تحقیقات سلامت مادر،جنین و نوزاد

مرکز تحقيقات تغذيه با شير مادر از جزئيات ديگر اين مجموعه بزرگ مي باشد

برگزاري سمينارهاي متعدد در تالارهاي همايش داخل مجتمع، دفاع از تــزها، بررسي و معرفي کيسهاي فراوان، برگزاري ژورنال کلابها، گراندراندها، کلاسهاي متنوع و انجام بيش از 240 نوآوري در زمينه‏هاي آموزشي، پژوهشي و درماني از ابتداي تأسيس، که خود به تنهايي لزوم به بحث و برسي جدا دارد را ميتوان شاخصي از توان و پتانسيل علمي اين مرکز نام برد.

همپايي و همراهي اين مرکز در جريانات اجتماعي نظير حضور کارکنان در موج مردمي انقلاب اسلامي و حضور تيم‏هاي پزشکي در جنگ تحميلي و درمان بيش از 10/000 مجروح جنگي، درمان تعداد کثيري از مجروحين بلاياي طبيعي نظير زلزله بم و رودبار با امکان فرود هليکوپتر امداد و پذيرش بيش از 250 بيمار از طريق امداد هوايي در سال از ديگر گفتني‏هاي اين مجتمع عظيم است.